柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
演员：西萩五十铃 国分优香里 市濑秀和 井上优 木内秀信 近藤隆 饭田利信 明坂聪美 稻村优奈 吉田仁美 竹内顺子 蒋里美 中村太亮 田中理惠 三瓶由布子 深见梨加 大谷美贵 松山鹰志 高木俊 松风雅也 汤屋敦子 柳原哲也 河野匡泰 宍户留美 铃木真仁 冈部凉音 根本正胜 屋良有作 增田裕生 山本匠马 津田健次郎 高坂笃志 岩崎征实 寺崎裕香 水野理纱 安田裕 池田政典 高桥广树 藤原祐规 中野裕斗 汤泽幸一郎 国立幸 胜矢 上原健太 镰苅健太 大桥贤一郎 永野广一 丰永利行 内藤玲 石井翔子 平野贵裕 前田刚
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演员：高山南 山崎和佳奈 神谷明 小山力也 林原惠美 山口胜平 田中秀幸 岛本须美 绪方贤一 堀川亮 松井菜樱子 宫村优子 岩居由希子 大谷育江 高木涉 高岛雅罗 堀之纪 立木文彦 小山茉美 三石琴乃 置鲇龙太郎 日高法子 池田秀一 古谷彻
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